José Isabel Flores Varela nació el 28 de noviembre de 1866 en Santa María de la Paz, población de la parroquia de San Juan Bautista de El Teúl de González Ortega, en el estado de Zacatecas. Sus padres eran Vidal Flores y Sixta Varela, familia de honda fe católica y vida sencilla. La región donde nació es una de las más apartadas del corredor entre Jalisco y Zacatecas: cerros, cañadas, caminos de tierra que en temporada de lluvias se vuelven lodazales. En ese paisaje de quietud forzada se formó el carácter del sacerdote que sería: paciente, austero, capaz de aguardar en silencio.
Ordenación y destinos
José Isabel completó sus estudios eclesiásticos en el Seminario de Guadalajara. Fue ordenado diácono el 25 de junio de 1896 y elevado al presbiterado pocos días después, el 26 de julio de 1896, por el obispo Atenógenes Silva. Celebró su primera misa el 15 de agosto de 1896 en Atemajac. En los años siguientes fue destinado a distintos lugares de la arquidiócesis hasta recibir su asignación definitiva como capellán de Matatlán, en la parroquia de Zapotlanejo, Jalisco.
En Matatlán transcurrirían veintiséis años de su vida sacerdotal. No fue una parroquia prominente ni una sede de grandes eventos; fue, sencillamente, el lugar donde un sacerdote conocido como «el padre José Isabel» se convirtió en figura indispensable de la comunidad. Los testimonios del proceso canónico lo describen como hombre de oración constante, maestro de catecismo para niños y adultos, confesor paciente, apoyo de los enfermos y los pobres. Vivía con pobreza efectiva, sin acumular bienes ni comodidades.
La persecución
Cuando el gobierno de Calles aplicó la Ley que imponía el registro civil de sacerdotes y la clausura de templos en 1926, el padre Flores Varela siguió administrando los sacramentos de la única manera posible: en secreto, moviéndose entre rancherías, celebrando la misa en casas particulares, bautizando y confesando a escondidas. Era un hombre mayor —rondaba los 60 años— que habría podido quedarse quieto y dejar pasar el temporal. No lo hizo. Continuó recorriendo los caminos que conocía de memoria, llevando los sacramentos a comunidades que no tenían otro acceso a ellos.
La traición y el arresto
El 18 de junio de 1927, el padre Flores Varela se dirigía a pie a un rancho del entorno de Zapotlanejo para celebrar la Eucaristía clandestinamente. Fue reconocido y delatado ante el cacique local por un antiguo condiscípulo —un ex seminarista al que el propio padre había protegido en años anteriores— que lo denunció a las autoridades civiles. Fue arrestado y conducido ante las autoridades de Zapotlanejo, donde quedó retenido y sometido a condiciones degradantes: atado, maltratado, privado del descanso. Los testimonios recogen que las autoridades locales le ofrecieron la libertad si accedía a obedecer las leyes civiles relativas al culto y a abandonar su ministerio. El anciano sacerdote respondió: «Mejor escucharé música más hermosa en el cielo».
El martirio en el cementerio de Zapotlanejo
En la noche del 20 al 21 de junio de 1927 fue trasladado al cementerio de Zapotlanejo. Allí intentaron ahorcarlo, pero el intento fracasó. El jefe de la partida ordenó entonces a un soldado que lo fusilara; ese soldado, que reconoció en el anciano al sacerdote que lo había bautizado, se negó. Encolerizado, el jefe mató al soldado rebelde y disparó él mismo contra el padre Flores Varela, hiriendo pero sin matar. Finalmente, uno de los presentes tomó un cuchillo grande y le cortó el cuello. José Isabel Flores Varela murió el 21 de junio de 1927 en ese cementerio, a los 60 años de edad.
La dramática secuencia —el soldado que se niega a ejecutar al sacerdote que lo bautizó y es matado por ello— es uno de los episodios más perturbadores de toda la hagiografía cristera. Ambos, el sacerdote y el soldado anónimo, fueron víctimas de la misma orden de muerte.
Beatificación y canonización
Juan Pablo II beatificó a José Isabel Flores Varela el 22 de noviembre de 1992 en Roma. El mismo pontífice lo canonizó el 21 de mayo de 2000 en la Plaza de San Pedro, como parte del grupo de San Cristóbal Magallanes y compañeros, los veinticinco mártires mexicanos canonizados ese día. Su festividad litúrgica es el 21 de mayo. La hagiografía oficial de la Santa Sede está disponible en el sitio oficial del Vaticano.